Το AI σαρώνει το RNA και αποκαλύπτει 70.000 νέους ιούς

 

Οι ερευνητές χρησιμοποίησαν την τεχνητή νοημοσύνη (AI) για να αποκαλύψουν 70.500 ιούς που ήταν προηγουμένως άγνωστοι στην επιστήμη, πολλοί από τους οποίους είναι περίεργοι και δεν θυμίζουν καθόλου τα ήδη γνωστά είδη ιών.

Οι ιοί RNA ταυτοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας μεταγονιδιωματική, στην οποία οι επιστήμονες μελετούν δείγματα από όλα τα γονιδιώματα που υπάρχουν στο περιβάλλον χωρίς να χρειάζεται να καλλιεργήσουν μεμονωμένους ιούς. Η μέθοδος αυτή δείχνει τη δυνατότητα της τεχνητής νοημοσύνης να εξερευνήσει τη «σκοτεινή ύλη» του σύμπαντος του ιού RNA.

Οι ιοί είναι πανταχού παρόντες μικροοργανισμοί που μολύνουν ζώα, φυτά, ακόμη και βακτήρια, ωστόσο μόνο ένα μικρό κλάσμα έχει εντοπιστεί και περιγραφεί. Ορισμένοι από αυτούς τους ιούς θα μπορούσαν να προκαλέσουν ασθένειες στους ανθρώπους.

Προηγούμενες μελέτες έχουν χρησιμοποιήσει τεχνικές μηχανικής μάθησης για την εύρεση νέων ιών στην αλληλουχία δεδομένων. Η πιο πρόσφατη μελέτη, που δημοσιεύτηκε στο Cell, προχωρά ένα βήμα παραπέρα και τη χρησιμοποιεί για να εξετάσει τις προβλεπόμενες δομές πρωτεΐνης. Το μοντέλο AI ενσωματώνει ένα εργαλείο πρόβλεψης πρωτεϊνών, που ονομάζεται ESMFold , το οποίο αναπτύχθηκε από ερευνητές στο Meta της Καλιφόρνια. Ένα παρόμοιο σύστημα τεχνητής νοημοσύνης, το AlphaFold , αναπτύχθηκε από ερευνητές στο Google DeepMind στο Λονδίνο.

Ο Shi Mang, ένας εξελικτικός βιολόγος στο Πανεπιστήμιο Sun Yat-sen στο Shenzhen της Κίνας και συν-συγγραφέας της μελέτης Cell , και οι συνάδελφοί του αναζητούσαν ιούς που δεν είχαν αναγνωριστεί στο παρελθόν σε δημόσια διαθέσιμα γονιδιωματικά δείγματα.

Η ομάδα δεν μπόρεσε να προσδιορίσει τους ξενιστές των ιών που εντόπισε, κάτι που θα πρέπει να διερευνηθεί περαιτέρω με την ανάπτυξη ενός νέου μοντέλου πρόβλεψης των ξενιστών των ιων RNA που εντοπίστηκαν πρόσφατα. Ελπίζουμε ότι αυτό θα βοηθήσει τους ερευνητές να κατανοήσουν τους ρόλους που διαδραματίζουν οι ιοί στα περιβάλλοντα που αναπτύσσονται .